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一般地說，根據樣品的性質決定采用何種液相色譜方法，然后再選擇不同類型的柱。即不同類型的柱則代表了不同的色譜方法。
不同種類色譜柱的差異在于柱結構、柱填料和柱尺寸的不同。
色譜柱有不同的尺寸(長度和內徑)，分制備型、常規分析型和微型。不同類型柱的硬件也不同，(包括接頭、柱管等方面)，還有徑向加壓柱和夾套加熱柱等。
不同液相色譜法的尺寸根據需要可以選取，普通分析3～30cm長，內徑4～8mm。常用20cm長、4.6mm內徑的柱。制備型柱內徑一般為8mm、25cm長。微型柱內徑l～3mm，長10～20cm。不同的填料分析的效果可能不同，這是因為生產過程不同所致。同一廠商生產的同種填料因批號不同也會有差異，這種差異可能從基質就開始(表面積、雜質、特殊處理)，還有鍵合的化學物質(一氯或三氯硅烷反應劑)，不同廠家生產的填料還會因技術(預處理、鍵合過程、填裝技術)等不同而呈現較大差異。由于種種差異、僅能假設同一批號的柱有基本相同的性質。
多數柱填料基質采用多孔硅膠微粒，通常有球形和無定形兩種，具有不同的粒度、孔徑和表面積。多孔聚合物微粒也適用于反相色譜。聚合物柱的流動相范圍廣，流動相pH值可在1至13之間。而硅膠基質pH僅能在2.5和7之間。顯然，聚合物柱要好一些，但目前仍是以硅膠基質的柱為主。原則上，聚合物柱可以克服硅膠基質柱的某些不足，但需要大量的實驗來證實，要進一步考查聚合物基質填料的全面*性。
在實際工作中，選擇性能良好的色譜柱可得到好的結果，首先要注意柱徑、長度、填料種類和填料粒度。
評價色譜柱的好壞不僅只是N數，還應考慮組分在柱上的保留、鍵合相表面的物性、柱壓降以及峰不對稱因子As等。每一根新色譜柱都應標出詳細參數，主要內容包括公司名稱、柱名稱(商標)、柱填料、尺寸。附一張標準參考色譜圖，并標出色譜條件、樣品名稱、流動相組成、流速、柱溫、進樣體積、檢測器、峰的保留時間及峰名稱等。評價一根色譜柱的主要指標是：①塔板數N值；②峰不對稱因子As；③柱壓降；④鍵合相濃度。
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